フリーエンジニアになるメリットは、自分の好きな仕事を選べることや、自分の時間や場所を自由に決められることなどが挙げられる。

しかしフリーエンジニアは、会社員とは異なる契約形態や収入面などに注意する必要がある。たとえば、契約形態と指揮命令系統についてである。会社員が結んでいる雇用契約に対し、フリーエンジニアは、一般的には業務委託契約などの契約を結んで業務を行う。仕事の内容や期間、報酬などを自分で交渉し、契約することが必要だ。
またフリーエンジニアは、会社員時代のように会社から指示や命令を受けることはなく、自ら仕事の進め方やスケジュールを管理しなければならない。このようにフリーエンジニは、会社員と比べて自己責任の度合いが高くなるが、その分自由度も高くなる。

フリーエンジニアの収入面においては、会社員と比べて安定しないといえる。収入の額は、仕事の内容や量や難易度などによって変わり、毎月一定ではない。
収入の支払いも不定期であり、遅延や未払いのリスクもある。しかしスキルや実績など、自分の努力次第では会社員時代の給料の何倍も収入を得るチャンスもある。

会社員とフリーエンジニアでは、年金の種類にも違いがある。一般的に会社員は厚生年金に加入する。保険料は会社と折半で、給料から天引きで徴収される。
一方でフリーエンジニアは、国民年金に加入することになる。国民年金の保険料は、フリーエンジニア自身が全額支払う必要がある。会社で年末調整を行ってもらえる会社員に対し、フリーエンジニアは自ら確定申告を行うため、会社員時代よりも税金の知識が必要となってくるだろう。